Obojživelníci patří mezi živočichy, kteří jsou civilizačními vlivy snad nejvíce postiženi. Vyhovující podmínky pro rozmnožování i přežití nacházejí na Šumavě podél toku Mladíkovského potoka. Obojživelníky Šumavy prezentuje silně ohrožený mlok skvrnitý, který se vyskytuje v západní části. Dále je to čolek horský žijící i ve vrcholových partiích.
