Obojživelníci patří mezi živočichy, kteří jsou civilizačními vlivy snad nejvíce postiženi. Vyhovující podmínky pro rozmnožování i přežití nacházejí na Šumavě podél toku Mladíkovského potoka. Obojživelníky Šumavy prezentuje silně ohrožený mlok skvrnitý, který se vyskytuje v západní části. Dále je to čolek horský žijící i ve vrcholových partiích.
Nejčastěji se vyskytuje v oblasti Modravska a Kvildska. Nejtypičtějším vodním stanovištěm čolka horského na Šumavě jsou vodou naplněné příkopy uvnitř lesního porostu. A nakonec jsou ohroženými druhy v dané lokalitě žáby, o kterých bude článek nadále pojednávat.
Každé jaro začíná migrace obojživelníků do vodních ploch za rozmnožováním. Často končí jejich cesty pod koly na silnici. V okolí Vimperku se pracovníci i dobrovolníci ZO ČSOP Šumava angažují pro záchranu žab v nebezpečných lokalitách. Jedním místem je území na hlavní silnici R4 směrem na Prahu u Lčovic a druhým úsekem je okolí Šumavských Hoštic podél silnic na Prachatice a na Buk. Po okraji komunikací zhotovují ze stavební perlinky zábrany a sběrné nádoby, které vyprazdňují 1– 3x denně. Tímto zachrání i polovinu žab.
Nejvíce postiženým druhem je ropucha obecná, protože se pohybuje příliš pomalu. Ropuchy se totiž po několika krocích zastaví a odpočívají. To je pro ně smrtelné. Ještě pomalejší a nemotornější jsou samice, které nesou i více samců. Navíc rychlejší samci čekají na samice právě na rovných silnicích. Dalším nejvíce postiženým druhem je skokan hnědý, který je naštěstí rychlejší. Dále skokani štíhlí se svou skokanskou dovedností bývají postiženi například na hrázích rybníků, na kterých vedou komunikace. Ještě bývá často postižena zejména ropucha zelená, protože využívá osvětlených komunikací v obci, kde hledá potravu. Je to problém, jelikož jejich populace bývá omezenější.
V oblasti migrace obojživelníků je třeba věnovat zvýšené pozornosti, postupovat systémově, i když je to finančně nákladné. Velmi důležité je zmapování kolizních úseků i databáze.
