Přírodu Šumavy zdobí obrovská škála rostlin, jejichž počet přesahuje jeden tisíc druhů.
Většina je vzácná, někdy i ohrožená a hlavně chráněná. Typické pro podhůří jsou lesy, které jsou tvořeny převážně buky, jedlemi, smrky, občasně duby a lípami. Převládající úsek území na Volarsku a Vimpersku pokrývaly ještě do poloviny 18. století takřka souvislé pralesy – součást pomezního hvozdu. Původních šumavských lesů se do dnešní doby dochovalo velmi málo. V národní přírodní rezervaci lze obdivovat Boubínský prales.
Značně pestré zastoupení je i v oblasti bylin jako např. svízel vonný, kopytník evropský, vraní oko čtyřlisté, četná je ale i kyčelnice devítilistá, samorostlík klasnatý, a ohrožený lýkovec jedovatý. Na Šumavě najdeme i desítky dalších druhů, které jsou alpského původu jako je třtina chloupkatá, podbělice alpská, řeřišničník Hallerův a prha chlumní, ale také druhy méně běžné až vzácné, jako je např. chrpa horská, jestřábník oranžový, čípek objímavý, vrbovka nící a další. Ovšem klenotem šumavských květů je hořec šumavský, který byl sbírán především kvůli svému kořenu a využíván k lihovým extraktům. Atraktivní období pro obdiv rostlin a luk je přelom jara a léta. Uvedená roční období jsou nejvíce navštěvovaná botanickými nadšenci.
Šumava je přeplněná vzácnými květinami. Mezi takové se určitě počítá sklenobýl bezlistý. Jedná se o orchidej, která byla na Šumavě nalezena poprvé v 19. století. Sklenobýl bezlistý je nezelená orchidej, žlutorůžových květů, která neobsahuje chlorofyl. Proto roste především ve stinných lesních porostech. Roste v symbióze s houbou, která jí zprostředkovává výživu. Ovšem je kriticky ohrožená a to pravděpodobně kvůli znečištění životního prostředí.
Horské louky jsou obvykle zemědělsky opečované sečí nebo pastvou. Jsou to středně vysoké louky, kromě trav zde vyčnívá rdesno hadí kořen, chráněný zvonečník černý, silenka dvoudomá zvaná též knotovka, která na dálku láká svojí výraznou sytě růžovou barvou, patří mezi hojně se vyskytující rostliny. Další okrasou Šumavy je pryskyřník prudký, kakost lesní a chráněná rostlina známá pod názvem medvědí kořen. Poslední jmenovaná se v minulosti ve velké míře používala k výrobě likérů.
Dalšími charakteristickými rostlinami jsou např. rozrazil lékařský nebo chráněné druhy hadí mord nízký a vzácně se vyskytuje vstavač běloprstka bělavá. Orchideje jsou většinou doménou exotických zemí, avšak i v našich krajinách jsou zastoupeny téměř 70 druhy a z toho víc jak polovinu najdeme na šumavském území. Mezi první, které krášlí začátek jara, jsou vstavač kukačka a prstnatec bezový. Právě vstavač kukačka byla v minulosti v hojném zastoupení, ale negativní lidská činnost výrazně zasáhla do produkce této krásné rostliny a z barevných koberců téměř zmizela z botanických map. To vedlo k jeho zákonné ochraně. Stejně i prstnatec bezový patřil v minulosti mezi hojné druhy našich orchidejí. Ze stejných důvodů ale došlo k jeho kritickému úbytku. Navíc kvůli používání minerálních hnojiv na mnoha svých místech zcela vyhynul. Jeho výskyt je tedy velice vzácný. Dvě šumavské lokality (v okolí Nicova a Javorníku), s každoročně vykvétajícími několika stovkami až tisíci jedinců, jsou v rámci ČR zcela unikátními. Oblast Šumavy je tedy skutečným fenoménem v mnoha oblastech, ale nejvíce bude vždy lákat svými nádhernými poklady v podobě vzácných rostlin a stromů rozesetých po loukách a podhůřích.
Národní park a chráněná krajinná oblast Šumava společně se sousedním německým národním parkem Bavorský les jsou primem největšího souvislého lesního komplexu ve střední Evropě.
